เมื่อพระนิคเคนโชนินขึ้นดำรงตำแหน่งสังฆราชแห่งนิชิเรนโชชู ในขณะนั้น สมาคมโซกา งัคไค ก็อยู่ภายใต้การนำของ ไดซาขุ อิเคดะ โดยในระหว่างนั้นนั่นเอง สมาคมโซกา งัคไค จะเป็นผู้ประสานงานระหว่างผู้นับถือทั่วโลกกับวัดใหญ่ไทเซขิจิ ซึ่งสมเด็จพระสังฆราชนิคเคนโชนิน ได้พบเห็นพฤติกรรมอันไม่ชอบมาพากลของ ประธานอิเคดะ และคณะผู้บริหาร ทั้งในเรื่องเงินบริจาคจากสมาชิกทั่วโลกที่มหาศาล และในเรื่องการบิดเบือนคำสอน และวิถีการปฏิบัติ รวมทั้งการปลอมแปลงโงะฮนซน(สิ่งสักการบูชาสูงสุด) ซึ่งเป็นประเด็นสำคัญมากที่สุด โดยในเรื่องการปลอมแปลงโงะฮนซนนี้ว่ากันว่าถูกจับได้ครั้งแรกโดยสมเด็จพระสังฆราชนิตทัทสุ โชนิน มาก่อนแล้ว แต่สมเด็จพระสังฆราชได้อภัยโทษให้ แต่อย่างไรก็ตามพระนิคเคน โชนิน ได้ตัดสินใจคว่ำบาตร ไดซาขุ อิเคดะ ประธานสมาคมโซกา งัคไคในปี ค.ศ. 1991 และต่อมาในปี ค.ศ. 1997 สมาชิกของสมาคมโซกา งัคไค ทุกๆคนจำนวน กว่า 10 ล้านคนทั่วโลก ได้ถูกคว่ำบาตรออกจากการเป็นนิชิเรนโชชูอย่างเป็นทางการ